目前，全省32条高速公路中有22条的收费标准为，客车基本费率0.43元/车/公里，货车0.08元/吨/公里。“2011年全省高速公路共收取车辆通行费69.6亿元，扣除管养费用23.9亿元后，尚不足以支付贷款利息65.9亿元，亏损20.2亿元。”省交通运输厅副厅长陈学刚介绍。

每年通行费收入归还建设高速公路的贷款利息都不够，更难以逐年归还本金。造成这一艰难局面的原因是：云南山高谷深，修建1公里高速公路的成本是中东部地区的2至3倍，又因处于国家高速公路网的神经末梢，车流量有限，通行费率较低，入不敷出。