农业部“十一五”对全国1058个独立运行的地市级以上农业科研机构科研综合能力进行评估，本次评估指标体系由科技队伍、研究条件、科技活动、科技成果、人才培养、科技效益6大类22个指标构成。

    从评估结果看，云南省参评的54个农业科研机构中，进入全国100强的研究所共有6个，全部在云南省农科院。该所15个研究所平均得分64.67分，6个研究所进入全国百强所，占该院研究所总数的40%，较“十五”增加5个。这表明“十一五”期间云南省农科院农业科研机构综合能力显著提高，排位显著上升，科研综合实力已进入全国中上水平。