随着中国自信的不断提升，菲律宾开始改善在南海群岛的防御工事，加强实际控制，并通过外交和军事手段进行了回应。6月，在中国成立三沙市之前，马尼拉就正式做出了外交努力，反对中国在菲律宾专属经济区附近的建设项目。菲律宾发现大量中国军舰在南海安塘滩海域活动，一艘搜救船卸载了许多建筑原材料后，这种抱怨更加强烈。安塘滩距离菲律宾南部的巴拉望岛仅125海里。菲律宾同样反对中国在南海建设石油开采设施。据传中国将在渚碧礁建造飞机跑道，位于菲律宾实际控制的中业岛附近。中国在3.7公里宽的岛礁上为驻军建起了2座4层的住宅和1座大型雷达站。有传闻说菲律宾上个月末向巴拉望岛派遣了800名海军陆战队员，但是菲律宾西部司令部司令陆军中将胡安科-萨班在10月1日否认了这一传闻，但是强调近期确实向巴拉望岛“防御性地”部署了不到100名军人。其他司令部也出面解释，声称这一动向是例行海上巡逻计划的一部分。萨班声称： “最近到达巴拉望岛的这2个营的兵力可以增强我们的岛屿防御，我们只有防御性目的，并确保能够防御我们的岛屿。一旦别国提出岛屿主权要求，防御比夺取岛屿更合适。”萨班遮遮掩掩的声明中还提到了美济礁，认为中国1995年夺占了该礁。为指挥和协同其兵力部署，菲律宾在巴拉望岛附近新开设了一个陆战队旅司令部。同时，菲律宾最近宣称可能向中国进入南海争议领海的监视无人机开火。中国国防部杨宇军表示中国将运用无人机监控南海争议地区，包括黄岩岛、南沙群岛及其附属海域，中国对这些地区拥有无可争辩的主权，有权部署和使用无人机。

　　菲律宾的设施大都是1960-70年代建造，由于缺乏维护而相当破旧，降低了使用效率和驻守菲军的士气。菲律宾官方2002年曾经签署了改善南沙群岛设施的协议，但是法新社的评论家还是批评政府缺乏战略眼光，目光只是局限在国内的叛乱威胁之上。中国的建筑也有利于寻求主权争夺的国际认同。一些法律专家认为，领土纠纷最终要依靠国际法庭和《海洋法》规定的“对争议领土持续、有效的控制”，比“历史主张”更为现实有效，但是中国以对争议领土“拥有不可争辩的主权”拒绝国际仲裁。中国的法理依据主要是《联合国海洋法公约》第121条关于“主权岛”的规定。菲律宾等东南亚国家把中国南海视为“不适于人类居住”的地区，因此只适用“12海里领海”的主张。为创造“大规模居住能力”，中国似乎决定在可居住的岛屿上引入这一特征。这个暗示对于菲律宾等领土要求国非常重要，通过对《联合国海洋法公约》第121条的自由解释，中国可以在每一个占领的岛屿上要求200海里专属经济区，甚至可以对礼乐滩丰富的油气资源提出合法的要求，印度尼西亚同样宣称对里德浅滩拥有主权。菲律宾的战略分析认为中国的建筑也可以作为基础防御设施，为未来大规模驻军奠定基础。中国国防部宣布三沙设立警备区，作为当地的军事行政机构，便于中国与菲律宾控制的“专属经济区”进行斗争。菲律宾正在谋求与美国建立战略联系，要求外部势力介入南海问题，制约中国的维护主权行动。10月8日，菲律宾与2600名美军和海军舰艇进行了联合机动演习，包括所谓的两栖登陆演习。10月2日，菲律宾外交部长艾伯特-德尔-罗萨里奥要求联合国干预主权冲突，要求“保护弱者”。同时，东盟成员国外长在本月参加联合国大会期间，起草了中国南海问题草案。菲律宾的军方领导层也担忧中国在三沙市的基础设施建设的意图，萨班宣称：“每次对南沙岛屿进行定期拍照都会发现有所变化，我们尤其关注建筑上的变化”。

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